WNHiS kontynuuje działalność Instytutu Nauk Społecznych AMW oraz jednostek organizacyjnych, które go poprzedzały. Misją Wydziału jest prowadzenie badań naukowych oraz kształcenie studentów w obszarze nauk humanistycznych i społecznych, ze szczególnym uwzględnieniem wysokiej wartości naukowej realizowanych badań oraz umożliwianie studentom uzyskania nowoczesnego i atrakcyjnego wykształcenia, dającego szanse zdobycia wiedzy, umiejętności i kompetencji dla sprostania wymogom współczesnej rzeczywistości. WNHiS realizuje działalność wpisującą się w misję Akademii Marynarki Wojennej w zakresie umacniania bezpieczeństwa społecznego i kulturowego, w sferze: relacji politycznych – zarówno międzynarodowych, jak i wewnętrznych – edukacji, w tym wychowania obywatelskiego i patriotycznego.

Wydział prowadząc swoją działalność dąży do wykorzystania tradycji morskiej i humanistycznej do wychowania studentów. Realizacja działalności naukowej, edukacyjnej i społecznej na WNHiS odbywa się zgodnie z zasadami wolności nauczania i prowadzenia badań naukowych w duchu poszanowania praw człowieka, patriotyzmu, demokracji, tolerancji oraz odpowiedzialności za dobro wspólne.

Wizja WNHiS obejmuje utrzymanie statusu silnego wydziału w ramach Akademii Marynarki Wojennej realizującego proces dydaktyczny i prowadzącego badania w obszarze nauk humanistycznych i społecznych, uczestniczącego w kształtowaniu kadr cywilnych i wojskowych, dbającego o najwyższą jakość kształcenia i badań naukowych oraz kształtowanie umiejętności i postaw zgodnych z wymogami humanistycznego paradygmatu świata.